Liquidazione IVA in caso di dichiarazione omessa: le disposizioni attuative dell’Agenzia delle Entrate

Il provvedimento n. 239129/E/2026 disciplina la liquidazione automatica dell’IVA in caso di dichiarazione annuale omessa, utilizzando i dati già disponibili da fatture elettroniche, corrispettivi telematici, LIPE e versamenti. L’esito della liquidazione è notificato al contribuente, che può fornire chiarimenti entro 60 giorni o pagare con sanzione ridotta a un terzo. La procedura rafforza l’utilizzo delle banche dati fiscali, ma lascia ferma la possibilità di accertamento ordinario.

L’Agenzia delle Entrate, con il provvedimento n. 239129/E/2026, ha dettato le disposizioni attuative dell’art. 54-bis.1, D.P.R. n. 633/1972, che disciplina la liquidazione automatica dell’IVA in caso di dichiarazione omessa. 

Senza pregiudizio dell’azione accertatrice, l’Agenzia delle Entrate, entro il termine di accertamento di cui all’art. 57, comma 2, D.P.R. n. 633/1972, può procedere, in caso di omessa presentazione della dichiarazione annuale, alla liquidazione dell’imposta, anche avvalendosi di procedure automatizzate. Ai fini della liquidazione, si considera omessa anche la dichiarazione presentata senza i quadri necessari per la liquidazione dell’imposta dovuta

Il provvedimento n. 239129/E/2026 individua le fonti informative da utilizzare per la liquidazione dell’imposta dovuta, stabilendo che la stessa deve essere effettuata sulla base dei dati risultanti: 

  • dalle fatture elettroniche emesse e ricevute dal contribuente, limitatamente ai “dati fattura” di cui al punto 1.2) del provvedimento n. 433608/E/2022
  • dai corrispettivi telematici
  • dalle comunicazioni dei dati delle liquidazioni periodiche presentate dal contribuente; 
  • dai versamenti IVA effettuati dal contribuente per il periodo d’imposta oggetto di controllo. 

I dati delle fatture elettroniche, dei corrispettivi telematici e delle comunicazioni dei dati delle liquidazioni periodiche sono consultabili dal contribuente e dall’intermediario delegato nel portale “Fatture e Corrispettivi”. I dati dei versamenti sono, invece, consultabili dal contribuente e dall’intermediario delegato nel proprio “Cassetto fiscale”. 

L’IVA dovuta dal contribuente è determinata sulla base dell’imposta a debito risultante, per il periodo d’imposta oggetto di controllo, dalle fatture elettroniche emesse e dai corrispettivi telematici trasmessi, nonché dalle comunicazioni dei dati delle liquidazioni periodiche presentate. Dall’imposta a debito sono scomputati

  • l’imposta a credito risultante dalle fatture elettroniche ricevute e dalle comunicazioni dei dati delle liquidazioni periodiche presentate; 
  • versamenti IVA effettuati relativi al periodo d’imposta. 

Nell’effettuazione della liquidazione non si tiene conto del credito risultante dalla dichiarazione presentata per il periodo di riferimento antecedente a quello oggetto di liquidazione e, dall’imposta dovuta, sono scomputati solo i versamenti effettuati

L’esito della liquidazione dell’IVA deve essere notificato entro il 31 dicembre del settimo anno successivo a quello in cui la dichiarazione avrebbe dovuto essere presentata e, sul punto, il provvedimento n. 239129/E/2026 stabilisce le modalità di invio della relativa comunicazione, prevedendo che: 

  • la comunicazione delle risultanze della liquidazione avviene tramite PEC, all’indirizzo risultante dall’indice nazionale INI-PEC o al domicilio digitale speciale eventualmente eletto dal contribuente. In caso di mancato recapito, si procede alla spedizione mediante raccomandata con avviso di ricevimento; 
  • la comunicazione si considera ricevuta dal contribuente nel giorno in cui risulta recapitata tramite PEC o raccomandata con avviso di ricevimento; 
  • la comunicazione, unitamente al prospetto analitico riportante gli estremi delle fatture elettroniche e dei corrispettivi telematici considerati ai fini della liquidazione, è resa disponibile in formato elettronico nella sezione “L’Agenzia scrive” del Cassetto fiscale del contribuente

Entro 60 giorni dal ricevimento della comunicazione, il contribuente può segnalare all’Agenzia delle Entrate eventuali dati o elementi non considerati o valutati erroneamente nella liquidazione dell’imposta e fornire i chiarimenti necessari. 

Il provvedimento n. 239129/E/2026 prevede che l’attività di assistenza è demandata alla Direzione provinciale competente in base al domicilio fiscale del contribuente alla data in cui la dichiarazione avrebbe dovuto essere presentata. Resta ferma, per i contribuenti con volume d’affari, ricavi o compensi non inferiori a 100 milioni di euro, la competenza della Direzione regionale, ai sensi dell’art. 27, comma 13, D.L. n. 185/2008

Le somme che, a seguito della liquidazione, risultano dovute a titolo di imposta, sanzione e interessi sono iscritte direttamente nei ruoli a titolo definitivo, ai sensi dell’art. 14, D.P.R. n. 602/1973, salvo che il contribuente provveda a pagare le somme dovute entro 60 giorni dal ricevimento della comunicazione delle risultanze della liquidazione. In tal caso, l’ammontare della sanzione è ridotto ad un terzo e gli interessi sono dovuti nella misura del 3,5% annuo, prevista dall’art. 6, comma 1, D.M. 21 maggio 2009, fino all’ultimo giorno del mese antecedente a quello di elaborazione della comunicazione. 

La sanzione è pari al 120% dell’ammontare del tributo dovuto, con un minimo di 250 euro (art. 5, comma 1, D.Lgs. n. 471/1997) e, ai sensi del comma 3 dell’art. 54-bis.1, D.P.R. n. 633/1972, la sanzione è ridotta a un terzo in caso di adempimento volontario entro il termine. 

Il pagamento delle somme dovute, entro 60 giorni dal ricevimento della comunicazione, è effettuato con il Modello F24 e, con risoluzione dell’Agenzia delle Entrate saranno istituiti i codici tributo per il pagamento a titolo di imposta, sanzione e interessi. In ogni caso, è vietata la compensazione “orizzontale” e, in caso di iscrizione a ruolo delle somme dovute, è vietata la compensazione prevista dall’art. 31, D.L. n. 78/2010.

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